Hội đồng Quốc gia tiền thân là Hội đồng Cố vấn Hoàng gia (Lodey Tshogdey), đã được đề cập đến trong luật pháp Bhutan vào năm 1953.[3] Ngay từ đầu, các thành viên của Hội đồng Cố vấn Hoàng gia đồng thời là thành viên của Quốc hội đơn viện (Tshogdu, tức là viện Quốc hội hiện tại của Bhutan). Hội đồng Cố vấn Hoàng gia được chính thức thành lập vào năm 1965 để tư vấn cho Druk Gyalpo và các bộ trưởng, và giám sát việc thực hiện các chương trình và chính sách do Quốc hội ban hành.[4] Hội đồng Cố vấn Hoàng gia đã trở thành một cơ quan tư vấn và cố vấn. Sáu thành viên của Hội đồng Quốc gia đã được bầu cử dân chủ, hai người được giới tăng lữ bầu lên và một người được Druk Gyalpo chỉ định làm Chủ tịch.[3][4] Theo các điều lệ năm 1979 cho các thành viên Hội đồng, các đại diện tu sĩ đã được yêu cầu phải biết chữ và "có kiến thức cao về tôn giáo Drukpa Kargyupa".[3] Những tu sĩ được đề cử phải được sự chấp thuận của Nghị trưởng Quốc hội. Các đại diện khu vực được Quốc hội bầu lên từ một danh sách được xác nhận bởi các hội đồng làng, xã. Họ phải có kiến thức, hiểu biết về văn hoá truyền thống và phong tục tập quán Bhutan.[3] Là cơ quan tư vấn chính cho Druk Gyalpo, Hội đồng Cố vấn Hoàng gia là một tổ chức chính yếu của nhà nước và đã tác động trực tiếp với Quốc hội.[3]

Nội các đầu tiên của Bhutan bao gồm Hội đồng Cố vấn Hoàng gia cùng với Hội đồng Bộ trưởng (hiện nay là Lhengye Zhungtshog).[4] Các thành viên cùng chịu trách nhiệm trước Quốc vương và Quốc hội (Tshogdu).[4]

Hội đồng Quốc gia được thành lập năm 2008 theo Điều 11 của Hiến pháp Bhutan, không đề cập đến Hội đồng Cố vấn Hoàng gia. Đạo luật của Hội đồng Quốc gia tiếp theo năm 2008 đã được soạn thảo theo cơ chế độc lập của Hội đồng Quốc gia.[5] Một phần của khuôn khổ này bao gồm việc bãi bỏ rõ ràng "tất cả các luật khác liên quan đến Hội đồng Cố vấn Hoàng gia".[5] Đạo luật của Hội đồng Quốc gia đưa ra các tiêu chuẩn; các cuộc họp, trình bày, tranh luận, và các thủ tục bỏ phiếu; ủy ban và cơ quan lập pháp; và phê bình, xóa bỏ, và các hình phạt khác đối với các thành viên của Hội đồng Quốc gia. Đạo luật cũng thiết lập một Chủ tịch, một Phó Chủ tịch, và một Tổng thư ký được chỉ định để quản lý Hội đồng Quốc gia.[5]

Cuộc họp chung đầu tiên của Nghị viện, bao gồm cả Hội đồng Quốc gia, được tổ chức từ ngày 8 tháng 5 đến ngày 30 tháng 5 năm 2008. Kỳ họp thứ nhất của Hội đồng Quốc gia được tổ chức từ ngày 17 tháng 6 đến ngày 24 tháng 7 năm 2008.[6]